Dalam mewujudkan kerjasama dengan Perguruan Tinggi, LPPOM MUI mengadakan kegiatan Pelatihan untuk Calon Auditor. Pelatihan ini diikuti oleh lebih dari 20 calon auditor yang berasal dari tiga Perguruan Tinggi yaitu Universitas Djuanda, Universitas Prof. Dr. Hamka (UHAMKA), dan UIN Jakarta.